Uma coisa que pode ajudar é colocar uma luva fina quando ela for dormir. Como ela faz isso apenas durante o sono e faz o polegar doer, ela entenderá que isso ajuda o polegar a não machucar quando acorda e deve aceitar a luva.
(Embora esteja ciente de que ela também pode estar chupando o dedo durante o dia, mas não quando você o vê. Os sugadores de polegar rapidamente ficam muito bons em esconder a sugação dos outros :-) Se esse for o caso, pode ser mais difícil obtê-lo. para parar, mas não desista.)
Existem substâncias com um gosto ruim, feitas para parar de roer as unhas, etc. No entanto, acho que elas tendem a "se espalhar" para que tudo fique ruim e você se acostuma com o gosto depois de um tempo (não me impediu de roendo minhas unhas). Você pode experimentá-los, mas suspeito que a luva será mais eficiente e menos irritante para o seu filho.