Deixe cada criança decidir.
Mudei meu sobrenome quando tinha dez anos e minha mãe se casou novamente. Eu mesmo tomei a decisão e acho que não tomei a decisão errada. E não se esqueça de considerar os próprios nomes na decisão. Nomes incomuns têm seu benefício à medida que você obtém menos confusões, e os nomes devem ser fáceis de pronunciar em muitos países (ou seja, sem caracteres estranhos e poucos 'R').
Mas em relação à sua pergunta, a única desvantagem de ter um nome diferente do resto da família é confusão, as pessoas se perguntam por que seus filhos têm um sobrenome diferente. Acredito que foi uma grande parte da decisão de mudar de minhas irmãs mais velhas, ela inicialmente manteve o nome antigo.
Além disso, não existe uma desvantagem específica em ter um sobrenome diferente dos seus pais, e a única desvantagem com um nome hifenizado é que ela é longa e confunde as pessoas que compõem nomes de usuário nos sistemas de computadores da empresa. :-) Embora isso possa ser visto como um benefício ... Nomes hifenizados também parecem extravagantes.
Então eu acho que você pode deixar as crianças tomarem essa decisão. Pelo menos supondo que os novos nomes não acabem com eles. Tanto McDonald quanto Berger são ótimos sobrenomes, mas McDonald-Berger é um pouco infeliz. :-)
Também é bom deixá-los sentir que têm controle sobre suas próprias vidas. E se não tiverem certeza, poderão sempre manter seus nomes atuais por enquanto e mudar mais tarde.