Eu acho que um ponto chave que eu não vi sendo tocado é o que há de errado em dizer a verdade sobre o motivo pelo qual você quer que eles façam ou não algo.
Eu concordo com todo mundo que diz, mentindo para seus filhos sobre um monstro pegá-los ou que a polícia os pegará, possivelmente levará seu filho a acreditar que mentir é bom para conseguir o que deseja e também levará o filho a ver que seu ameaças nunca acontecem e, portanto, não há razão para ouvi-lo.
No entanto, dizer ao seu filho que você gostaria que ele ficasse quieto porque está com dor de cabeça e os ruídos altos doem, deve ser bastante aceitável. Dizer ao seu filho para parar de pular na cama ou ele vai quebrar a cama e, por sua vez, não tem cama para dormir, deve ficar bem.
Sua pergunta está perguntando especificamente se é prejudicial a longo prazo e acho que a única pessoa que pode realmente responder é um psicólogo infantil. Mas isso provavelmente depende da criança. Assustar seu filho com histórias de monstros e fantasmas poderia incentivar os medos do escuro. Como alguém mencionado acima, assustar seu filho com histórias da polícia pode fazer com que ele tenha medo da polícia e não os veja como alguém a quem recorrer quando está em perigo.
Penso que todos os pais precisam encontrar o que acham melhor para o seu filho específico e sua família. A extensão do seu medo provavelmente determinará se haverá efeitos prejudiciais à criança. Se você acha que deve usar uma técnica de medo para fazer com que seu filho se comporte adequadamente, mantenha-o no mínimo com o menor fator de medo necessário e atenha-se às coisas com as quais seu filho não deve associar bons sentimentos.
Também vou acrescentar que existem culturas que têm histórias e contos populares que fazem parte da tradição para dizer às crianças que, de fato, as assustam a fazer algo benéfico para os pais ou responsáveis. Aqui está um link que eu achei que fornece algumas informações sobre esse folclore. https://rickunioninstitute.wordpress.com/2012/12/23/stories-to-scare-children-into-behaving/