Como mencionei nos comentários, esse provavelmente não é um caso de crescimento de fungos. Especialmente se o subsolo não for material vivo (rochas, pedras ou areia) e, considerando as cores que você descreve, isso soa muito como algas típicas encontradas em aquários novos e saudáveis.
Uma coisa importante primeiro: as algas não são ruins, de um modo geral. Embora existam algas que podem até ser venenosas, ter algumas algas em seu aquário é realmente uma coisa boa e as que você encontra normalmente também não prejudicam seus peixes (se eles não estiverem dominando o aquário). Em vez disso, eles fornecerão habitat para bactérias úteis e outros habitantes de aquários frequentemente negligenciados, que ajudarão você a manter a água limpa e os peixes saudáveis. Você pode considerar as manchas de algas algum tipo de filtro natural, que reduzirá a amônia, nitrito e nitrato na água, embora normalmente não seja eficaz o suficiente para a maioria dos tanques.
O "fungo" marrom ou quase preto que você está descrevendo soa muito como algas marrons ( phaeophyta ), que são muito típicas para novos aquários. Eles devem desaparecer por algumas semanas. Algumas sobras podem ficar embora. Mas apenas deixe-os. Se você limpar tudo e começar tudo de novo, também fornecerá a eles um novo começo.
Se você der uma olhada na foto acima, notará algumas manchas escuras no lado direito das pedras. Isso é praticamente tudo o que resta das algas marrons que uma vez cobriram 90% dessa pedra. Agora existem apenas algumas pequenas manchas de algas verdes. Não considere seixos ou pedras sujas. Isso é crescimento natural e nada que você deva tentar impedir. Pessoalmente, prefiro pedras cobertas de algas.
As algas verdes ( chlorophyta ) são um sinal típico da luz solar direta e / ou excesso de nutrientes na água. Nosso aquário também tem alguns deles, mas eu normalmente apenas os "apara". Eles oferecem um bom contraste, eu os considero ótimos ao acenar com a corrente de água e fornecem cobertura para pequenos caracóis, camarões, etc.
Lamento não poder fornecer fotos melhores no momento, mas meu telefone celular tem problemas para se concentrar nas plantas em movimento e nas partes de algas. É realmente difícil de ver, mas essas algas crescem entre alguns ramos de outras plantas.
Caso as algas estejam cobrindo o vidro, limpe-o com uma almofada macia ou uma borracha especial (vendida nas lojas). Como alternativa, compre um caracol de nerite / caracol de corrida . Esses caracóis comem algas o dia inteiro, mas não conseguem procriar em água doce.
Faça o que fizer, não pegue alguns produtos químicos anti-algas. Eles realmente não são necessários e também geralmente não são saudáveis para peixes ou para a qualidade da água em geral.