O material no cascalho pode ser uma fonte de bactérias anaeróbicas e amônia / nitrogênio, se você deixar acumular muito alto, por isso é definitivamente uma boa idéia se livrar. Ele quebrará um pouco por conta própria, mas quase todos os tanques com qualquer animal produzirão resíduos mais rapidamente do que o eliminam.
Eu recomendaria usar um sifão de cascalho em vez de mexer aleatoriamente: dessa forma, você está removendo o resíduo imediatamente, em vez de misturá-lo na coluna de água. (E fazendo a sua troca de água.) Você precisaria aspirar qualquer um dos sólidos / partículas mais densos de qualquer maneira, pois é provável que eles se depositem antes que qualquer filtragem mecânica possa agarrá-los.
A limpeza do substrato é especialmente importante se você tiver um filtro de fundo. Eles puxam os resíduos profundamente para o cascalho e começam a bloquear o fluxo de água à medida que se acumula. Se ficar muito ruim, as bactérias desnitrificantes desses locais desaparecerão devido à falta de comida (amônia e nitritos que você deseja que eles consumam) e oxigênio.