O silicone em si é inofensivo, pois não é tóxico, não orgânico e praticamente não reativo.
Durante o processo de endurecimento, o selante de silicone produz ácido acético , causando o mau cheiro que cheira a vinagre. Dependendo da quantidade de silicone, você não precisa se preocupar com a quantidade de ácido que entra em contato com a água (se derramar algo), a quantidade deve ser mínima demais para influenciar o pH do seu aquário.
Alguns selantes de silicone destinados ao uso em banheiros (ou similares) podem conter fungicidas que podem afetar negativamente a vida de seus aquários.
Isenção de responsabilidade: Eu nunca tentei fazer isso antes, mas tudo o que sabia sobre selante de silicone me disse que isso seria seguro e uma rápida pesquisa na Wikipedia confirmou meus pensamentos.