Às vezes, o motor AF de uma lente é do tipo parafuso e engrenagem e, nesse caso, não é muito diferente de um motor interno, exceto que ele realmente tem a desvantagem de ser mais volumoso. É o caso de muitas lentes de baixo custo (incluindo muitas lentes de kit).
Outras vezes, o motor AF de uma lente é do tipo ultrassônico, que usa acionamento direto, sem necessidade de engrenagens e é superior a um tipo de parafuso e engrenagem usado nos corpos das câmeras por vários motivos:
- É muito silencioso (geralmente chamado "Motor de onda silenciosa")
- Ele pode se mover rapidamente
- Pode ser menos volumoso
- Pode permitir a substituição manual do foco sem desativar o foco automático
A página da Wikipedia sobre o motor ultrassônico (que aparentemente foi pioneiro pela Canon) é bastante interessante e possui diagramas.
Como o mattdm apontou de maneira útil nos comentários, algumas unidades mais recentes de autofoco do tipo parafuso e engrenagem estão sendo comercializadas pela Canon como "Micro USM". Isso é, na minha opinião, enganoso. Eles ainda possuem engrenagens para não terem as vantagens listadas acima.
Um motor de lente no corpo da câmera adiciona apenas uma pequena quantidade de volume e significa que sua seleção de lentes é um pouco melhor e você pode fazer AF com algumas das lentes mais baratas. Se você acha que será servido bem por lentes com motores embutidos, não importa muito se você a possui no corpo. Obviamente, o motor ultrassônico ou as lentes SWM são a melhor tecnologia e estes não dependem de um motor de lente no corpo.
Como já foi respondido anteriormente, se o corpo da câmera e a lente tiverem um motor AF, ela será usada. E é assim que você normalmente gostaria, porque geralmente são superiores.
Este não é um problema da Canon, que não produz motores de foco automático internos.