Provavelmente não importa muito.
O computador tem uma vantagem porque pode trazer mais poder ao processador. Você pode usar algoritmos mais sofisticados, incluindo a adaptação correta de cada imagem. (E, como Matt Grum salienta, você tem a versão maior disponível se mudar de idéia. Esse é provavelmente o motivo mais convincente para seguir esse caminho - é difícil adivinhar suas necessidades futuras).
A conversão no dispositivo pode ter outras vantagens, dependendo de como é implementada. Primeiro, ele pode reduzir o tamanho dos dados brutos do sensor, em vez de trabalhar em um JPEG já convertido. Isso evita salvar em JPEG mais de uma vez (o que, considerando que você está descartando detalhes, não é importante neste caso) e permite que a câmera faça o downsizing como parte do desmembramento da Bayer. Isso pode dar uma pequena melhoria na qualidade. Segundo, o sensor pode executar uma classificação de pixels no nível do hardware, o que diminui o ruído de leitura ao fotografar em uma resolução mais baixa.
Mas essas vantagens são altamente dependentes da implementação. Eu acho que a melhor coisa a fazer é tirar algumas fotos e comparar. Se você não perceber a diferença, siga o que for mais fácil. (Ou siga o conselho de armazenar as versões maiores em algum lugar, afinal, por precaução.)