O CF (Compact Flash) usa a interface IDE, idêntica aos discos rígidos IDE internos. Eu já vi mods de equipamento usando CF para trabalhar com HDs, e é assim que os adaptadores de disco rígido interno baseados em CF funcionam (você pode comprar um por muito barato para ser conectado a um dos slots do seu HDD, para acelerar o acesso ao disco. É essencialmente apenas fiação, sem necessidade de componentes eletrônicos). Dado isso, posso imaginar modificar uma câmera baseada em CF para funcionar com unidades externas.
SD é uma história diferente, pois implementa uma interface completamente diferente. Eu acho que existem adaptadores SD para CF que permitem usar um cartão SD em um dispositivo CF, mas estou cético quanto à conversão inversa. Portanto, com uma câmera baseada em SD, sua única solução parece estar sendo filmada com o EOS Utility.