É possível remover o CFA (conjunto de filtros de cores), mas extremamente difícil. Há pelo menos uma empresa que fará isso (Maxmax como asalamon74 afirma). Fazer isso é totalmente desnecessário para a conversão de infravermelho, na verdade uma das coisas que eu mais gosto na fotografia de infravermelho é brincar com as cores fracas resultantes, o que exige o CFA.
Por que você deseja removê-lo ... sensibilidade. Cada um dos filtros de cores filtra aproximadamente dois terços da luz recebida. Removê-los daria a você uma câmera em escala de cinza 1.6 que é mais sensível; portanto, onde você teria que usar o ISO1600 normalmente com esta câmera, poderia filmar no ISO500
Além disso, você não precisaria demosaicar as imagens resultantes para obter um aumento na nitidez semelhante ao obtido com uma câmera Sigma Foveon.
Se você fizer uma conversão IR profunda (880 nm ou menos), perderá as informações de cores de qualquer maneira, para não perder nada removendo o CFA.