A resposta curta é que isso realmente não importa.
A "área protegida" não é importante para a fotografia; Não conheço nenhuma câmera que a use. Teoricamente, essa área é usada para proteção de cópias hostis ao usuário e, de qualquer forma, não é para seu benefício. Ao usar sua câmera para armazenar fotos, você pode simplesmente ignorá-la.
É improvável que a preocupação com o desempenho abaixo do ideal seja relevante para qualquer sistema operacional (ou câmera) moderno. Eu acho que a principal preocupação é que o sistema operacional faça um "formato completo", causando gravações desnecessárias. Como isso é muito lento em qualquer dispositivo de armazenamento com as capacidades que usamos hoje em dia, todo sistema operacional usa a formatação rápida melhor para flash de qualquer maneira. Há mais sobre isso em Quantas vezes os cartões de memória devem ser formatados?
Como resposta a essa pergunta, os fabricantes de câmeras geralmente recomendam a formatação na câmera e não no computador. Há várias razões para isso:
- Um usuário pode formatar o cartão com um sistema de arquivos incompatível, como NTFS ou HFS. Isso causaria usuários confusos e chamadas caras de suporte técnico. Melhor apenas dizer "faça na câmera".
- Muito improvável, mas um erro na implementação FAT de alguns sistemas operacionais ou no próprio firmware da câmera pode entrar em conflito. Manter tudo na câmera é mais seguro aqui (mas nunca ouvi falar disso realmente acontecendo - o formato do sistema de arquivos é simples e bem compreendido).
- A formatação na câmera faz com que a estrutura da pasta DCIM seja criada - mas como isso acontece quando você escreve uma foto, se ela ainda não estiver lá, isso não é importante.
Se você entende tudo isso, não há mal nenhum em formatar o cartão no seu computador, com o firmware especial da SD Card Association ou com as próprias ferramentas do sistema operacional. Caso contrário, use a formatação da câmera para ser seguro.