Como fotógrafo, sou “independente da câmera” e uso os sistemas Canon e Nikon diariamente, por isso tenho experiência no mundo real com ambos os sistemas. Os sistemas de estabilização da Canon e da Nikon foram projetados para desempenhar a mesma função (estabilizar a imagem da trepidação da câmera na mão) e fazem-no da mesma maneira (um elemento flutuante dentro de uma lente manipulada eletromagneticamente). Na minha experiência, não há diferença apreciável entre os dois sistemas.
Para abordar sua pergunta adicional, as 'regras' de Thom Hogan, conforme descritas no artigo citado, se aplicarão igualmente bem ao sistema de IS da Canon e são mais ou menos o que ensino aos meus alunos sobre estabilização de imagem (embora alguns de meus alunos provavelmente diriam que o artigo de Thom é mais sucinto do que algumas das minhas explicações desmedidas!).
Conclusão: não faça do IS ou VR o 'fator decisivo' se você estiver no processo de 'ir para Canon' ou 'ir para Nikon', para todos os efeitos, os sistemas são equivalentes em funcionalidade, recursos e operação.