Consulte este link da Adobe, que descreve como alinhar automaticamente as camadas.
No final, eles dizem
"Após o alinhamento automático, você pode usar Editar> Transformação livre para ajustar o alinhamento"
Se você realmente precisa alinhar as imagens manualmente, aqui está uma maneira eficaz de fazê-lo.
Supondo que suas imagens sejam carregadas como camadas, oculte todas as camadas, exceto duas. Uma camada deve ter o modo normal. Defina a outra camada para o modo de diferença. Agora, se as imagens estiverem perfeitamente alinhadas, tudo o que você verá é uma imagem em preto puro. Se eles não estiverem alinhados corretamente, você verá a diferença entre as imagens. Use as teclas do cursor para mudar a imagem superior até obter preto puro ou até minimizar a imagem da diferença visível.
Repita conforme necessário até que todas as imagens estejam alinhadas.