Respostas:
Se você estiver tirando fotos de algo parado, um trilho de foco permitirá que você as faça perfeitamente. Se você está falando sobre coisas em movimento, como insetos, tudo o que você pode fazer é tirar muitas fotos. Se você não conseguir focar de maneira confiável sem um tripé e um trilho, poderá usar o modo burst. Mas, com alguma prática, você pode chegar ao ponto em que pode clicar com segurança no obturador quando partes específicas da foto estão em foco e capturar uma série dessa maneira.
Há um bom artigo no DPS sobre o empilhamento de foco, que documenta uma maneira de fazê-lo, incluindo o pós-processamento no Photoshop.
Há um bom artigo sobre o empilhamento de foco usando as ferramentas de linha de comando align_image_stack e enfuse (ambos incluídos no Hugin ).
Um amigo meu recomendou o ImageJ em combinação com o plug- in Stack Focuser para combinar as imagens em uma única imagem com uma profundidade de campo estendida. Ele o usa principalmente para imagens em microscópio.
Eu também encontrei boas referências para o CombineZP . Embora não haja muitas informações no site, existe um grupo de usuários do yahoo para obter mais informações e este artigo (antigo) descreve um fluxo de trabalho completo usando o CombineZP.
Eu acho que vale a pena mencionar que, se você é uma pessoa da Canon, o Magic Lantern possui um ótimo utilitário de empilhamento de foco, que permite definir o número de fotos na frente e o número atrás, além do tamanho da mudança de foco para cada foto. Vai levar a série de fotos e até gerar um pequeno script que pode ser usado com Hugin para mesclar.