Na verdade, a lente influencia o foco de duas maneiras:
1) A velocidade com a qual ele se concentra (velocidade do motor)
2) A quantidade de luz que coleta (ligada à parada f)
Obviamente, quanto mais rápido o motor de foco e mais luz a lente reunir, mais rápido ela focalizará. Mas a confirmação e a busca do foco também dependem da câmera que você usa, o que pode trazer inconsistências entre várias combinações de câmera + lente.
Você pode colocar uma lente nikkor 24-70 f2.8 (lente muito rápida) em uma D40 que possui cerca de 3 pontos de foco automático e um sistema de foco relativamente simples, e ele ainda focará muito rápido; No entanto, provavelmente não conseguirá o foco sempre, devido à natureza simplista do sistema de foco automático da câmera.
Se você colocar a mesma lente em uma D300s ou superior, que provavelmente possui mais de 50 pontos de foco automático e um processador / sistema muito melhor para usar todas elas, você terá muito menos foco ruim.
Respondendo à sua pergunta: As lentes AF (Nikon) são lentes sem motor de foco automático, focalizam girando um parafuso no suporte da lente - a câmera faz tudo isso e apenas os modelos semi-profissional ou superior (d90 ou melhor). As lentes AF-S têm um motor embutido, elas focam automaticamente em todas as câmeras modernas, mesmo as mais baratas.
Não sei as diferenças precisas entre o desempenho desses dois tipos de lentes, mas como as novas e as mais caras têm motores AF-S dedicados, presumo que um motor de foco dedicado melhore o desempenho.