Se sua versão do git for> = 1.6.1, você poderá usar git reset --merge.
Além disso, como o @Michael Johnson menciona, se sua versão do git for> = 1.7.4, você também poderá usá-lo git merge --abort.
Como sempre, verifique se não há alterações não confirmadas antes de iniciar uma mesclagem.
Na página do manual git merge
git merge --aborté equivalente a git reset --mergequando MERGE_HEADestá presente.
MERGE_HEAD está presente quando uma mesclagem está em andamento.
Além disso, em relação às alterações não confirmadas ao iniciar uma mesclagem:
Se você tiver alterações que não deseja confirmar antes de iniciar uma mesclagem, apenas git stashelas antes da mesclagem e git stash popapós concluir a mesclagem ou abortá-la.