Para junções internas, eu realmente não notei uma diferença (mas, como em todo ajuste de desempenho, você precisa verificar seu banco de dados sob suas condições).
No entanto, onde você coloca a condição, faz uma enorme diferença se você estiver usando junções esquerda ou direita. Por exemplo, considere estas duas consultas:
SELECT *
FROM dbo.Customers AS CUS
LEFT JOIN dbo.Orders AS ORD
ON CUS.CustomerID = ORD.CustomerID
WHERE ORD.OrderDate >'20090515'
SELECT *
FROM dbo.Customers AS CUS
LEFT JOIN dbo.Orders AS ORD
ON CUS.CustomerID = ORD.CustomerID
AND ORD.OrderDate >'20090515'
O primeiro fornecerá apenas os registros com um pedido datado depois de 15 de maio de 2009, convertendo assim a junção esquerda em uma junção interna. O segundo fornecerá esses registros, além de quaisquer clientes sem pedidos. O conjunto de resultados é muito diferente dependendo de onde você coloca a condição. (Selecione * se apenas para fins de exemplo, você não deve usar obviamente o código de produção.) A exceção é quando você deseja ver apenas os registros em uma tabela, mas não na outra. Então você usa a cláusula where para a condição e não a junção.
SELECT *
FROM dbo.Customers AS CUS
LEFT JOIN dbo.Orders AS ORD
ON CUS.CustomerID = ORD.CustomerID
WHERE ORD.OrderID is null