As configurações de controle de acesso não parecem mais ser salvas para as chaves privadas armazenadas nas chaves do sistema, portanto, tentar adicionar o Xcode à lista de permissões não funcionou para mim.
Para manter as alterações de controle de acesso, tive que copiar a chave privada + certificado para o keychain Login. Isso evitou que o Xcode me incomodasse ao assinar arquivos de código para distribuição.
Observe que o Xcode interromperá a distribuição se as configurações de confiança do certificado forem alteradas (por exemplo, Sempre permitir a assinatura de código); você deve mantê-los definidos como padrão do sistema.
Espero que haja uma solução melhor do que essa, porque isso não parece certo. Mas funciona por agora.