Parece haver uma resposta faltando aqui para aqueles que usam SSH para se conectar ao banco de dados MySQL. Você precisa verificar dois lugares e não 1, conforme sugerido por outras respostas:
Workbench Editar → Preferências → Editor de SQL → DBMS
Workbench Editar → Preferências → SSH → Tempo Limites
Meus tempos limite de SSH padrão foram definidos muito baixos e causando alguns (mas aparentemente não todos) dos meus problemas de tempo limite. Depois, não esqueça de reiniciar o MySQL Workbench!
Por último, pode valer a pena entrar em contato com o administrador do banco de dados e pedir que ele aumente as propriedades wait_timeout e interactive_timeout no próprio mysql via my.conf + mysql restart ou faça um conjunto global se reiniciar o mysql não for uma opção.
Espero que isto ajude!
DBMS connection read time out
campo aceita apenas 5 figuras e a configuração do campo como 0 é equivalente ao parâmetro padrão (600 segundos). (Windows 7 Ultimate de 64 bits, MySQL Workbench 5.2.47 CE)