Você está salvando seus arquivos antes de fazer a comparação? Aconteceu comigo há algum tempo e continuo dizendo que não há alterações entre os arquivos, mas depois de algum tempo percebo que não estava salvando os arquivos antes e estava comparando com a versão em disco, não a versão em memória.
Sempre que você abre alguma solução no Visual Studio, ele executa algumas operações que podem causar a alteração dos arquivos .sln ou de projeto e, em seguida, solicita que você faça o check-out do arquivo. Isso acontece quando há alterações na estrutura da pasta na máquina do desenvolvedor ou quando elas não têm as mesmas versões de todos os arquivos. Talvez alguém tenha adicionado um projeto em alguma pasta e outro desenvolvedor tenha o mesmo projeto em outro local. Outro caso que vejo acontecer é quando temos uma solução com alguns projetos c ++, por algum motivo, um desses projetos c ++ possui um arquivo .res com caminhos absolutos. Depois que esse arquivo foi gerado automaticamente pelo VS, ele foi alterado de máquina desenvolvedor para máquina desenvolvedor.
Eu sugiro que você abra o arquivo .sln e procure alguns caminhos absolutos ou caminhos relativos que podem não existir em alguma máquina do desenvolvedor, dependendo dos arquivos que eles obtêm do seu Controle de origem.