Fatore o código comum em um arquivo R separado e, em seguida, forneça esse arquivo R em cada arquivo Rmd que você deseja.
então, por exemplo, digamos que eu tenho dois relatórios que preciso fazer, surtos de gripe e análise de armas contra manteiga. Naturalmente, eu criaria dois documentos Rmd e encerraria o processo.
Agora, suponha que o chefe apareça e queira ver as variações dos preços dos surtos de gripe versus manteiga (controlando para munição de 9 mm).
- Copiar e colar o código para analisar os relatórios no novo relatório é uma má ideia para reutilização de código, etc.
- Eu quero que fique bem.
Minha solução foi fatorar o projeto nestes arquivos:
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
dentro de cada arquivo Rmd, eu teria algo como:
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
O problema aqui é que perdemos reprodutibilidade. Minha solução para isso é criar um documento filho comum para incluir em cada arquivo Rmd. Portanto, no final de cada arquivo Rmd que crio, adiciono este:
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
E, é claro, autodoc.Rmd:
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
NB, isso é projetado para o fluxo de trabalho Rmd -> html. Isso vai ser uma bagunça feia se você for com látex ou qualquer outra coisa. Este documento Rmd examina o ambiente global para todos os arquivos source () 'ed e inclui sua fonte no final do seu documento. Inclui jquery ui, tablesorter e configura o documento para usar um estilo acordeão para mostrar / ocultar arquivos originados. É um trabalho em andamento, mas sinta-se à vontade para adaptá-lo às suas necessidades.
Não é uma linha curta, eu sei. Espero que tenha pelo menos algumas ideias :)
Rmdarquivo. Mas você também deseja originar outrosmarkdownarquivos em um arquivo que está sendo tricotado?