Como converter R Markdown para PDF?

Eu já perguntei sobre os comandos para converter R Markdown em HTML .

Qual é uma boa maneira de converter arquivos R Markdown em documentos PDF?

Uma boa solução preservaria o máximo possível do conteúdo (por exemplo, imagens, equações, tabelas html, etc.). A solução precisa poder ser executada na linha de comando. Uma boa solução também seria multiplataforma e, idealmente, minimizará dependências para facilitar o compartilhamento de makefiles e assim por diante.

Especificamente, existem muitas opções:

• Se é necessário converter RMD para MD em HTML para PDF; ou RMD para MD para PDF; ou RMD para PDF
• Se estiver usando o markdownpacote em R, quais opções especificar
• Se usar pandoc, um pacote incorporado ao R ou outra coisa

Aqui está um exemplo de arquivo rmd que, presumivelmente, fornece um teste razoável de qualquer solução proposta. Foi usado como base para esta postagem no blog .

Resposta atualizada (10 de fevereiro de 2013)

Pacote rmarkdown : Agora existe um rmarkdownpacote disponível no github que faz interface com o Pandoc. Inclui uma renderfunção. A documentação deixa bem claro como converter rmarkdown em pdf entre vários outros formatos. Isso inclui a inclusão de formatos de saída no arquivo rmarkdown ou a execução de um formato de saída para a função de renderização. Por exemplo,

render("input.Rmd", "pdf_document")

Linha de comando: Quando corro a renderpartir da linha de comando (por exemplo, usando um makefile), às vezes tenho problemas com o pandoc não sendo encontrado. Presumivelmente, ele não está no caminho de pesquisa. A resposta a seguir explica como adicionar pandoc ao meio ambiente R .

Por exemplo, no meu computador executando o OSX, onde tenho uma cópia do pandoc através do RStudio, posso usar o seguinte:

Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

Resposta antiga (por volta de 2012)

Assim, várias pessoas sugeriram que Pandoc é o caminho a percorrer. Veja as notas abaixo sobre a importância de ter uma versão atualizada do Pandoc.

Usando Pandoc

Eu usei o seguinte comando para converter R Markdown em HTML (ou seja, uma variante desse makefile ), onde RMDFILEé o nome do arquivo R Markdown sem o .rmdcomponente (ele também assume que a extensão é .rmde não .Rmd).

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

e então este comando para converter para pdf

Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

• Eu removi a referência no arquivo de exemplo que exporta plotagens para imgur para hospedar imagens.
• Eu removi uma referência a uma imagem que estava hospedada no imgur. Os números parecem precisar ser locais.
• As opções na markdownToHTMLfunção significavam que as referências de imagem são para arquivos e não para dados armazenados no arquivo HTML (ou seja, eu removi 'base64_images'da lista de opções).
• A saída resultante parecia ser este . Claramente, criou um documento no estilo LaTeX, em contraste com o que recebo se imprimir o arquivo HTML em pdf a partir de um navegador.

Obtendo a versão atualizada do Pandoc

Conforme mencionado por @daroczig, é importante ter uma versão atualizada do Pandoc para gerar PDFs. No Ubuntu, a partir de 15 de junho de 2012, eu estava preso à versão 1.8.1 do Pandoc no gerenciador de pacotes, mas parece que, no log de alterações, para o suporte ao pdf, você precisa pelo menos da versão 1.9+ do Pandoc.

Assim, eu instalei caball-install. E então correu:

cabal update
cabal install pandoc

Pandoc foi instalado em ~/.cabal/bin/pandoc Assim, quando eu corri pandoc, ainda estava vendo a versão antiga. Veja aqui para adicionar ao caminho .

Eu acho que você realmente precisa do pandoc , que software excelente foi projetado e construído apenas para esta tarefa :) Além do pdf , você pode converter seu arquivo md em, por exemplo, docx ou odt, entre outros.

Bem, a instalação de uma versão atualizada do Pandoc pode ser desafiadora no Linux (como você precisaria de toda a haskell-platformcompilação a partir das fontes), mas muito fácil no Windows / Mac com apenas alguns megabytes de download.

Se você possui o arquivo de marcação de malha / malha, basta chamar, pandocpor exemplo, bash ou com a systemfunção dentro de R. Uma demonstração POC desse último é implementada na Ṗandoc.convertfunção do meu pequeno pacote (do qual você deve estar muito entediado enquanto tento aponte sua atenção para lá em todas as oportunidades ).

Agora (agosto de 2014) Você pode usar o RStudio para converter R Markdown em PDF. Basicamente, o RStudio usa o pandoc para converter Rmd em PDF.

Você pode alterar os metadados para:

1. Adicionar sumário
2. Alterar opções de figura
3. Alterar estilo de destaque da sintaxe
4. Adicionar opções do LaTeX
5. E muitos mais...

Para mais detalhes - http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html

Para uma opção que se parece mais com o que você obtém ao imprimir em um navegador, wkhtmltopdfoferece uma opção.

No Ubuntu

sudo apt-get install wkhtmltopdf

E então o mesmo comando do exemplo pandoc para chegar ao HTML:

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

e depois

wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf

O arquivo resultante parecia ser este . Não parecia lidar com o MathJax ( esse problema é discutido aqui ) e as quebras de página são feias. No entanto, em alguns casos, esse estilo pode ser preferido em relação a uma apresentação mais no estilo LaTeX.

Apenas duas etapas:

1. Instale a versão mais recente "pandoc" a partir daqui:

   https://github.com/jgm/pandoc/releases

2. Chame a função pandocnolibrary(knitr)

   library(knitr)
   pandoc('input.md', format = 'latex')
   

Assim, você pode converter seu "input.md" em "input.pdf".

Eu achei o uso do R studio da maneira mais fácil, mas se você quiser controlar a partir da linha de comando, um script R simples pode executar o truque usando o comando rmarkdown render (como mencionado acima). Detalhes completos do script aqui

#!/usr/bin/env R

# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd

# load packages
require(rmarkdown)

# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
    stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
    # read report to render from command line
    for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
        # render Rmd to PDF
        if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
            render(rmd, pdf_document())
        } else {
            print(paste("Ignoring: ", rmd))
        }
    }
}

Se você não deseja instalar nada, pode gerar html. Em seguida, abra o arquivo html - ele deve abrir em uma janela do navegador e clique com o botão direito do mouse para imprimir. Na janela de impressão, selecione "Salvar como PDF" no canto inferior direito, se você estiver em um Mac. Voila!

Siga estes passos simples:

1: No script Rmarkdown, execute Knit (Ctrl + Shift + K) 2: Depois que a marcação html for aberta, clique em Abrir no navegador (canto superior esquerdo) e o html será aberto no navegador da web 3: Em seguida, use Ctrl + P e salve como PDF.