Como descobrir qual versão do pacote está carregada no R?

Estou em um processo de descobrir como usar meu cluster universitário. Possui 2 versões do R instaladas. Todo o sistema R 2.11 (Debian 6.0) e R 2.14.2 em local não padrão.

Estou tentando usar o MPI junto com a neve. O código que estou tentando executar é o seguinte

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Funciona sem os problemas no R 2.11. (Eu inicio o script com mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Agora, quando tento fazer isso com o R 2.14.2, recebo a seguinte mensagem:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Portanto, parece que o R carrega a versão do pacote de neve compilada para o R 2.11. Instalei o snow sob R 2.14 na minha pasta pessoal e adicionei as seguintes linhas ao meu código:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

E a saída antes do erro confirma que eu realmente estou executando o R 2.14.2 e minha pasta de pacotes R é a primeira no caminho de pesquisa. Mas ainda recebo o erro.

Então, minha pergunta é como determinar qual versão do pacote é carregada no R? Eu posso ver com installed.packagestodos os pacotes que estão instalados, então talvez haja alguma função que lista informações semelhantes para pacotes carregados?

Você pode usar sessionInfo()para conseguir isso.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

No entanto, conforme os comentários e a resposta abaixo, existem opções melhores

> packageVersion("snow")

[1] '0,3,9'

Ou:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Você pode usar packageVersionpara ver qual versão de um pacote está carregada

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Embora pareça que você queira ver qual versão do R você está executando, nesse caso, a sessionInfosugestão de Justin é o caminho a seguir.

Para verificar a versão do R, execute: R --version

Ou depois que você estiver no shell R, imprima o conteúdo de version$version.string

EDITAR

Para verificar a versão dos pacotes instalados, faça o seguinte.

Após carregar a biblioteca, você pode executar sessionInfo ()

Mas para conhecer a lista de todos os pacotes instalados:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

OU para extrair uma versão específica da biblioteca, depois de extrair as informações usando a installed.packagefunção acima, use o nome do pacote na primeira dimensão da matriz.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

O texto acima imprimirá as versões da biblioteca da RANN e da biblioteca de gráficos.

Tecnicamente falando, todas as respostas no momento estão erradas. packageVersionnão retorna a versão do pacote carregado. Ele vai para o disco e busca a versão do pacote a partir daí.

Isso não fará diferença na maioria dos casos, mas às vezes faz. Tanto quanto posso dizer, a única maneira de obter a versão de um pacote carregado é o bastante hackeado:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

onde pkgé o nome do pacote.

Edição: Não tenho certeza quando esta função foi adicionada, mas você também pode usar getNamespaceVersion, isso é mais limpo:

getNamespaceVersion(pkg)

Você pode tentar algo como isto:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Solução GUI:

Se você estiver usando o RStudio, poderá verificar a versão do pacote no Packagespainel.

Use o método R packageDescriptionpara obter a descrição do pacote instalado e, para a versão, use apenas $Version:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Com base nas respostas anteriores, aqui está uma maneira alternativa simples de imprimir a versão R, seguida pelo nome e versão de cada pacote carregado no espaço para nome. Funciona no notebook Jupyter, onde tive problemas de execução sessionInfo()e R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Fora:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Pergunta antiga, mas não entre as respostas, é o meu comando favorito para obter uma visão geral rápida e curta de todos os pacotes carregados:

(.packages())

Para ver qual versão está instalada em todos os pacotes carregados, basta usar o comando acima para subconjunto installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

Alterando o número da coluna (3 para a versão do pacote), você pode obter qualquer outra informação armazenada installed.packages()em uma matriz de fácil leitura. Abaixo está um exemplo para o número da versão e dependência:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Use o código a seguir para obter a versão dos pacotes R instalados no sistema:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Basta usar help(package="my_package")e olhar para a versão mostrada.

Isso pressupõe que não há outras versões de pacotes na mesma .libPaths.

Search () pode fornecer uma lista mais simplificada dos pacotes anexados em uma sessão (ou seja, sem as informações detalhadas fornecidas por sessionInfo ())

search {base} - R
Descrição da documentação : Fornece uma lista dos pacotes anexados. Procurar()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"