Esta resposta é direcionada a pessoas menos técnicas que usam o Windows.
Se você não se lembra / sabe em quais arquivos clicou em "ignorar worktree", use:
git ls-files -v //This will list all files, you are looking for the ones with an S at the beginning of the line.
git ls-files -v | grep "S " //Use this to show only the lines of interest. Those are the files that have "skip-worktree".
Para corrigir seu problema:
Você pode acessar os arquivos -> clicar com o botão direito do mouse -> restaurar para uma versão anterior -> clicar na guia "git" na parte superior -> desmarcar a caixa de seleção "skip-worktree" -> clicar em "Aplicar" na parte inferior.
Se os arquivos forem muitos para corrigir manualmente, você precisará consultar as outras respostas.