O Eclipse mal consegue atualizar de 3.7.1 para 3.7.2, quanto mais de 3.7 para 4.2.
Você está tomando a vida do seu ambiente de desenvolvimento em suas mãos se tentar fazer um upgrade tão grande para um ambiente de desenvolvimento Eclipse existente. Não sei sobre você, mas meu ambiente de desenvolvimento é muito importante para arriscar uma atualização.
Sempre crie um novo diretório Eclipse e novos espaços de trabalho Eclipse quando quiser alterar seu ambiente de desenvolvimento.
Descompacte o Eclipse 4.2 em um novo diretório e adicione seus plug-ins um de cada vez. Você pode usar o método de Bananeweizen para copiar os plug-ins do Eclipse 3.7 ou pode adicioná-los manualmente. É provavelmente uma boa ideia ver se os plug-ins que você usa foram atualizados para o Eclipse 4.2.
Crie uma nova área de trabalho do Eclipse 4.2 e copie o código do projeto da área de trabalho do Eclipse 3.7. Se você descobrir um problema mais tarde, pode recorrer ao Eclipse 3.7 e aos seus espaços de trabalho do Eclipse 3.7.
Quando você tem um ambiente Eclipse 4.2 que funciona, compacte-o de volta e mantenha o arquivo zip para que possa restaurar seu ambiente Eclipse 4.2 no caso de seu Eclipse ser corrompido.
Nunca, jamais, pense em mudar seu ambiente de trabalho.