Os pacotes são apenas arquivos .xar com uma extensão diferente e uma hierarquia de arquivo especificada. Infelizmente, parte dessa hierarquia de arquivos é um arquivo cpio.gz dos instaláveis reais e geralmente é isso que você deseja editar. E também há um arquivo Bom que inclui informações sobre os arquivos dentro desse arquivo cpio e um arquivo PackageInfo que inclui informações resumidas.
Se você realmente precisa apenas editar um dos arquivos de informação, é simples:
mkdir Foo
cd Foo
xar -xf ../Foo.pkg
# edit stuff
xar -cf ../Foo-new.pkg *
Mas se você precisar editar os arquivos instaláveis:
mkdir Foo
cd Foo
xar -xf ../Foo.pkg
cd foo.pkg
cat Payload | gunzip -dc |cpio -i
# edit Foo.app/*
rm Payload
find ./Foo.app | cpio -o | gzip -c > Payload
mkbom Foo.app Bom # or edit Bom
# edit PackageInfo
rm -rf Foo.app
cd ..
xar -cf ../Foo-new.pkg
Eu acredito que você pode obter mkbom (e lsbom) para a maioria das distros Linux. (Se você conseguir o mesmo, isso torna as coisas ainda mais fáceis, mas não tenho certeza se isso está quase onipresente.)