Como selecionar um espelho CRAN em R

Estou tentando instalar um pacote através do prompt R, fazendo o seguinte:

install.packages('RMySQL')

Mas a saída é a seguinte:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

E nada mais! Não consigo encontrar uma solução para este problema muito básico. O que devo digitar para selecionar um espelho CRAN?

EDITAR:

SO: Mac-OS X 10.6.8 R Versão: 2.15.0

Você deve obter uma janela com uma lista de repositórios ou um menu de texto com algumas opções. Mas se isso não estiver aparecendo, você sempre pode especificar o espelho de onde baixar os pacotes usando o reposparâmetro Ao fazer isso, R não perguntará mais sobre o repositório. Exemplo:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Aqui você tem uma lista de espelhos para R.

Aqui está o que eu faço, que é basicamente direto da example(Startup)página:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

que está em ~/.Rprofile.

Edit: Como agora é 2018, podemos acrescentar que, nos últimos anos, o URL "https://cloud.r-project.org"tem sido preferível, pois reflete a) acesso https eb) uma CDN "sempre perto de você".

Sou fã de:

chooseCRANmirror()

O que imprimirá a lista de espelhos na saída (não se preocupe com uma janela pop-up desde que você a esteja executando no terminal) e, em seguida, insira o número desejado.

Eu uso a solução ~ / .Rprofile sugerida por Dirk, mas eu só queria ressaltar que

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

parece ser a coisa mais sensata a fazer em vez de

chooseCRANmirror(81)

, que pode funcionar, mas que envolve o número mágico 81 (ou talvez seja uma maneira sutil de promover o turismo na 81 = UK (Bristol) :-))

A tela de seleção de repositório não pode ser mostrada no seu sistema (OS X), pois o OS X não inclui mais o X11. R tenta mostrar o prompt através do X11. Instale o X11 em http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Em seguida, execute o comando de instalação. O prompt de seleção de repo será mostrado.

Se você precisar configurar o espelho de uma maneira não interativa (por exemplo, instalando o rbundler em um script de implantação), poderá fazê-lo desta maneira:

Primeiro, execute manualmente:

chooseCRANmirror()

Escolha o número do espelho melhor para você e lembre-se dele. Em seguida, para automatizar a seleção:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Onde 87 é o número do espelho que você gostaria de usar. Esse snippet também instala o rbundle para você. Você pode omitir isso se quiser.

eu usei

chooseCRANmirror(81)

fornece uma solicitação para selecionar o país. Em seguida, você pode fazer uma seleção digitando o código de espelho do país especificado lá.

Um menu suspenso deve aparecer para você selecionar (ou você terá vários números para escolher), esteja usando R no terminal ou um IDE como o RStudio. Isso é suportado no Windows, Mac OS e na maioria dos sistemas Linux. No entanto, pode exigir configurações ou dependências adicionais, como o X-windows.

Para ativar o X-windows ao usar o acesso remoto, use os seguintes -XYsinalizadores:

ssh -XY username@server.domain

Geralmente, existe um repositório padrão, mas isso pode ser especificado se houver algum problema, como a execução de scripts ou o Rmarkdown / knitr. Você pode usar o repoopset espelho ou repositório para CRAN sempre que instalar com:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

É aconselhável usar o espelho mais próximo da sua localização para downloads mais rápidos. Por exemplo:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Você também pode definir a reposopção na sua sessão, para que você precise apenas uma vez por sessão interativa (ou script). Você pode verificar se reposestá configurado com:

options(repos)

Se você receber "Error in options(repos) : object 'repos' not found", poderá definir a opção de repositório. Por exemplo:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Então deve funcionar para instalar pacotes como de costume. Por exemplo:

install.packages("RMySQL")

Conforme mencionado por outros, você pode configurar o repositório no seu .Rprofilearquivo e ter esse trabalho em todos os seus scripts. Depende de você se você prefere essas opções "globais" em seu sistema ou opções "locais" em sua sessão ou script. Essas opções "locais" levam mais tempo para usar cada sessão, mas têm o benefício de tornar outras pessoas capazes de usar seus scripts, se elas não tiverem o seu .Rprofile.

Eu tinha, no macOS, exatamente o que você diz: um prompt 'selecione' e depois nada mais.

Depois que abri (e atualizei; não sei se isso era relevante) X-Quartz e, em seguida, reiniciei o R e tentei novamente, recebi uma lista de espelhos na janela X para escolher depois de alguns segundos. Foi mais rápido na terceira vez.

Você também pode desativar todos os menus gráficos executando este ou colocando-o no seu Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Adicionar em ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})