Qualquer coisa que não seja armazenada em um volume EBS montado na instância será perdida.
Por exemplo, se você montar seu volume EBS em /mystuff
, qualquer coisa que não /mystuff
esteja será perdida. Se você não montar um volume ebs e salvar coisas nele, acredito que tudo será perdido.
Você pode criar uma AMI a partir do estado atual da máquina, que conterá tudo em seu armazenamento efêmero. Então, quando você iniciar uma nova instância com base nessa AMI, ela conterá tudo como está agora.
Atualização: para esclarecer com base nos comentários de mattgmg1990 e glenn bech:
Observe que há uma diferença entre "parar" e "encerrar". Se você "parar" uma instância suportada pelo EBS, as informações no volume raiz ainda estarão no mesmo estado quando você "iniciar" a máquina novamente. De acordo com a documentação, "Por padrão, o volume do dispositivo raiz e os outros volumes do Amazon EBS anexados ao iniciar uma instância suportada pelo Amazon EBS são excluídos automaticamente quando a instância é encerrada", mas você pode modificá-lo via configuração.