A implementação JAX-WS incorporada ao JDK realmente é apenas o material básico de sabão. Se você precisar de alguma das coisas mais complexas do WS- *, como WS-Security, WS-RM, WS-Policy, etc ..., precisará usar uma das alternativas, como CXF, Metro ou Axis2. Também pode depender do que você está tentando integrar. Por exemplo, o CXF possui suporte de primavera de alto nível, além de um suporte OSGi muito bom.
O CXF também tem outras coisas além do JAX-WS. Também possui uma implementação JAX-RS compatível e suporta a exposição de serviços como REST e SOAP muito bem. Possui uma implementação SOAP / JMS compatível com W3C, se esse tipo de coisa for necessária. Basicamente, muitas coisas não estão disponíveis no implemento JAX-WS in-jdk.
Veja também:
Diferença entre Apache CXF e Axis