Aqui está um css funcional, testado no Firefox / IE7 / Safari / Chrome / Opera.
* {margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div {position:absolute}
div#header {top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper {top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left {top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right {top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
O "overflow-y" não é aprovado pelo w3c, mas todos os principais navegadores oferecem suporte. Suas duas divs #left e #right exibirão uma barra de rolagem vertical se o conteúdo for muito alto.
Para que isso funcione no IE7, é necessário acionar o modo compatível com os padrões adicionando um DOCTYPE:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html>
<head>
<title></title>
<style type="text/css">
*{margin:0px;padding:0px;overflow:hidden}
div{position:absolute}
div#header{top:0px;left:0px;right:0px;height:60px}
div#wrapper{top:60px;left:0px;right:0px;bottom:0px;}
div#left{top:0px;bottom:0px;left:0px;width:50%;overflow-y:auto}
div#right{top:0px;bottom:0px;right:0px;width:50%;overflow-y:auto}
</style>
</head>
<body>
<div id="header"></div>
<div id="wrapper">
<div id="left"><div style="height:1000px">high content</div></div>
<div id="right"></div>
</div>
</body>