O PyPy não é um fork do CPython, portanto nunca pode ser mesclado diretamente no CPython.
Teoricamente, a comunidade Python poderia adotar universalmente o PyPy, o PyPy poderia ser implementado como referência e o CPython poderia ser descontinuado. No entanto, o PyPy tem suas próprias fraquezas:
- O CPython é fácil de integrar com os módulos Python escritos em C, que é tradicionalmente o modo como os aplicativos Python lidam com tarefas que exigem muita CPU (veja, por exemplo, o projeto SciPy).
- A própria etapa de compilação do PyPy JIT custa tempo de CPU - é apenas através da execução repetida do código compilado que ele se torna mais rápido no geral. Isso significa que o tempo de inicialização pode ser maior e, portanto, o PyPy não é necessariamente tão eficiente para executar códigos de cola ou scripts triviais.
- O comportamento de PyPy e CPython não é idêntico em todos os aspectos, especialmente quando se trata de "detalhes de implementação" (comportamento que não é especificado pela linguagem, mas ainda é importante em nível prático).
- O CPython roda em mais arquiteturas que o PyPy e foi adaptado com sucesso para rodar em arquiteturas incorporadas de maneiras que podem ser impraticáveis para o PyPy.
- O esquema de contagem de referência do CPython para gerenciamento de memória tem, sem dúvida, impactos de desempenho mais previsíveis do que os vários sistemas de GC do PyPy, embora isso não seja necessariamente verdade para todas as estratégias de "GC puro".
- O PyPy ainda não oferece suporte completo ao Python 3.x, embora esse seja um item de trabalho ativo.
O PyPy é um ótimo projeto, mas a velocidade de tempo de execução em tarefas que exigem muita CPU não é tudo, e em muitos aplicativos é a menor das muitas preocupações. Por exemplo, o Django pode rodar no PyPy e isso torna a modelagem mais rápida, mas os drivers de banco de dados do CPython são mais rápidos que o do PyPy; no final, qual implementação é mais eficiente depende de onde está o gargalo em um determinado aplicativo.
Outro exemplo: você pensaria que o PyPy seria ótimo para jogos, mas a maioria das estratégias de GC, como as usadas no PyPy, causam tremores visíveis. Para o CPython, a maioria das coisas de jogo com uso intenso de CPU é transferida para a biblioteca PyGame, da qual o PyPy não pode tirar vantagem, já que o PyGame é implementado principalmente como uma extensão C (embora veja: pygame-cffi). Ainda acho que o PyPy pode ser uma ótima plataforma para jogos, mas nunca o vi realmente usado.
O PyPy e o CPython têm abordagens radicalmente diferentes para questões fundamentais de design e fazem trocas diferentes; portanto, nenhuma é "melhor" que a outra em todos os casos.