O Github não permite que a mesma chave de implantação ssh seja usada para mais de um projeto, o que seria muito útil em alguns casos (por exemplo, servidor de CI lidando com projeto com submódulos privados). Já vi vários tópicos que parecem dizer que essa limitação existe por 'razões de segurança', mas ainda estou para ver uma explicação convincente sobre exatamente qual risco isso aumentaria.
Observe que o fato de que o Github não permite que chaves de nível de conta sejam reutilizadas faz sentido (dois usuários não devem compartilhar chaves). É apenas a restrição de Implementar Chaves que estou questionando.
E para ser claro, eu estou não à procura de soluções alternativas (criar um usuário fictício, utilize várias chaves, ...), mas apenas para uma explicação plausível para essa limitação em Implantar Keys.
Tópicos relacionados:
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