Copiar o arquivo .jar na pasta do projeto Android nem sempre é possível.
Especialmente se for uma saída de outro projeto no seu espaço de trabalho e ele for atualizado.
Para resolver isso, você precisará adicionar o jar como um arquivo vinculado ao seu projeto, em vez de importá-lo (que o copiará localmente).
Na interface do usuário, escolha:
Projeto -> Importar -> Sistema de Arquivos -> yourjar.jar -> (área Opções) Avançado -> Criar link na área de trabalho.
O link é salvo no arquivo .project :
<linkedResources>
<link>
<name>yourjar.jar</name>
<type>1</type>
<locationURI>PARENT-5-PROJECT_LOC/bin/android_ndk10d_armeabi-v7a/yourjar.jar</locationURI>
</link>
</linkedResources>
PARENT-5-PROJECT_LOC
significa relativo ao arquivo do projeto, 5 diretórios acima (../../../../../).
Em seguida, inclua-o nas bibliotecas:
Projeto -> Propriedades -> Caminho de Construção Java -> Bibliotecas -> Incluir Jar -> yourjar.jar
Na mesma janela, escolha a guia Ordem e exportação e marque seu jar para que ele seja adicionado ao apk.