Comando R para definir o diretório de trabalho no local do arquivo de origem no Rstudio

Estou elaborando alguns tutoriais em R. Cada código R está contido em uma pasta específica. Existem arquivos de dados e outros arquivos lá. Desejo abrir o .rarquivo e fonte-lo de forma que não precise alterar o diretório ativo no Rstudio, como mostrado abaixo:

Existe uma maneira de especificar meu diretório de trabalho automaticamente em R.

Para obter a localização de um script que está sendo originado, você pode usar utils::getSrcDirectoryou utils::getSrcFilename. Portanto, alterar o diretório de trabalho para o do arquivo atual pode ser feito com:

setwd(getSrcDirectory()[1])

Isso não funciona no RStudio se você executar o código em vez de fornecê -lo. Para isso, você precisa usar rstudioapi::getActiveDocumentContext.

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Essa segunda solução exige que você esteja usando o RStudio como seu IDE, é claro.

Eu sei que essa pergunta está desatualizada, mas eu estava procurando uma solução para isso também e o Google lista isso no topo:

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

coloque isso em algum lugar do arquivo (o melhor seria o começo), para que o wd seja alterado de acordo com esse arquivo.

Segundo os comentários, isso pode não funcionar necessariamente em todas as plataformas (o Windows parece funcionar, Linux / Mac para alguns). Lembre-se de que esta solução é para 'fornecer' os arquivos, não necessariamente para executar blocos nesse arquivo.

veja também get filename e caminho do arquivo `source`d

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

funciona para mim, mas se você não quiser usar o rstudioapi e não estiver em um projeto, poderá usar o símbolo ~ em seu caminho. O símbolo ~ refere-se ao diretório de trabalho padrão do RStudio (pelo menos no Windows).

Se o diretório de trabalho do RStudio for "D: / Documents", setwd("~/proyect1")é o mesmo que setwd ("D: / Documents / proyect1").

Depois de definir isso, você pode navegar para um subdiretório: read.csv("DATA/mydata.csv"). É o mesmo que read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv").

Se você deseja navegar para uma pasta pai, pode usar "../". Por exemplo: read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")que é o mesmo queread.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")

Essa é a melhor maneira de codificar scripts, independentemente do computador que você está usando.

Esta resposta pode ajudar:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

Nota: o script deve ser originado para retornar o caminho correto

Encontrei-o em: https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

A resposta do BumbleBee (com parent.frame em vez de sys.frame) não funcionou para mim, eu sempre recebo um erro.

Para o rstudio , você pode definir automaticamente seu diretório de trabalho para o diretório de scripts usando o rstudioapi assim:

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

Isso funciona ao executar ou originar seu arquivo.

Você precisa instalar o pacote rstudioapi primeiro. Observe que imprimo o caminho para ter 100% de certeza de que estou no lugar certo, mas isso é opcional.

A solução

dirname(parent.frame(2)$ofile)

não está trabalhando para mim.

Estou usando um algoritmo de força bruta, mas funciona:

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

Mais fácil ao pesquisar em um diretório:

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

Se você trabalha no Linux, pode tentar o seguinte:

setwd(system("pwd", intern = T) )

Funciona para mim.

Eu estava apenas procurando uma solução para este problema, chegou a esta página. Eu sei que é datado, mas as soluções anteriores eram insatisfatórias ou não funcionavam para mim. Aqui está o meu trabalho, se estiver interessado.

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

Percebo que esse é um encadeamento antigo, mas tive um problema semelhante ao precisar definir o diretório de trabalho e não consegui fazer com que nenhuma das soluções funcionasse para mim. Aqui está o que funcionou, caso mais alguém se depare com isso mais tarde:

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

É um pouco complicado, mas basicamente isso usa comandos do sistema para obter o diretório de trabalho e salvá-lo em dummyfile.txt, então R lê esse arquivo usando data.table :: fread. O resto é apenas limpar o que foi impresso no arquivo, para que eu fique apenas com o caminho do diretório.

Eu precisava executar o R ​​em um cluster, para que não houvesse maneira de saber em qual diretório eu terminaria (os trabalhos recebem um número e um nó de computação). Isso fez o truque para mim.

Eu entendo que isso está desatualizado, mas não consegui que as respostas anteriores funcionassem satisfatoriamente, por isso, quis contribuir com meu método caso alguém encontrasse o mesmo erro mencionado nos comentários à resposta do BumbleBee.

O meu é baseado em um simples comando do sistema. Tudo o que você alimenta com a função é o nome do seu script:

extractRootDir <- function(x) {
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);
}

setwd(extractRootDir("myScript.R"));

A saída da função seria semelhante "/Users/you/Path/To/Script". Espero que isso ajude qualquer pessoa que possa ter ficado presa.

O herepacote fornece a here()função, que retorna o diretório raiz do projeto com base em algumas heurísticas.

Não é a solução perfeita, pois não encontra a localização do script, mas é suficiente para alguns propósitos, então pensei em colocá-lo aqui.

A maioria das GUIs pressupõe que, se você estiver em um diretório e "abrir", clique duas vezes ou tentar executar um arquivo .R, que o diretório em que reside será o diretório de trabalho, a menos que especificado de outra forma. A GUI do Mac fornece um método para alterar esse comportamento padrão, que pode ser alterado no painel Inicialização das Preferências que você define em uma sessão em execução e se torna efetivo na próxima "inicialização". Você também deve estar olhando para:

?Startup

A documentação do RStudio diz:

"Quando iniciado por meio de uma associação de arquivos, o RStudio define automaticamente o diretório de trabalho como o diretório do arquivo aberto." A configuração padrão é que o RStudio seja registrado como manipulador de arquivos .R, embora também haja menção da capacidade de definir uma "associação" padrão com o RStudio para extensões .Rdata e .R. Se ter status de manipulador e de associação é o mesmo no Linux, não sei dizer.

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

também não funciona para mim, mas o seguinte (conforme sugerido em https://stackoverflow.com/a/35842176/992088 ) funciona para mim no ubuntu 14.04

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

Caso você use a codificação UTF-8:

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

Você precisa instalar o pacote rstudioapi se ainda não o fez.

Aqui está outra maneira de fazer isso:

set2 <- function(name=NULL) {
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) {
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  }
  else {
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  }
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()