Falha na atualização do Brew: os arquivos da árvore de trabalho não rastreados seriam substituídos por mesclagem

Tentando atualizar o Homebrew com brew update, recebi o seguinte erro

error: The following untracked working tree files would be overwrittenby merge:     
 Library/Formula/argp-standalone.rb
 Library/Formula/cocot.rb 
Please move or remove them before you can merge. 
Aborting 
Updating e088818..5909e2c 
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

Encontrei uma postagem no blog de alguém que teve um problema semelhante depois de instalar o Mountain Lion (o que eu fiz essa semana também). Ele explica como ele removeu os arquivos mencionados na mensagem de erro

I removed these files:
$ cd $(brew --prefix)
$ rm cocot.rb
However, removing these files didn't help with the brew update. Instead I had to manually update brew through git:
$ cd $(brew --prefix)
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew update
Already up-to-date.

Supondo que essas instruções estejam corretas (o que eu talvez não deva assumir), tentei seguir estas instruções e fazer

    $ cd $(brew --prefix)
    $ rm cocot.rb

No entanto, ele disse 'arquivo não existe' quando tentei rm cocot.rb

Uma coisa que não tenho certeza é: cd $(brew --prefix)são essas as palavras exatas que digito ou preciso substituir o prefixo por alguma coisa? o cd foi bem-sucedido, então estou assumindo que estava correto - ele me mudou para / usr / local, mas não havia arquivo para remover. O conteúdo de / usr / local é

Cellar              clamXav             git             mysql               var Library             doc             heroku              mysql-5.5.15-osx10.6-x86_64 README.md           etc             include             rvm bin             foreman             lib             share

De qualquer forma, você sabe como posso corrigir a 'atualização de preparação'

Atualização: Depois de remover os arquivos de acordo com as instruções de favoretti e tentar chown -R <your_username> $(brew --prefix)/.git, ocorreu o seguinte erro:brew update

error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge:
    Library/Aliases/gperftools
    Library/Aliases/hashdeep
    Library/Aliases/htop
    Library/Aliases/nodejs
    Library/Aliases/ocio
    Library/Aliases/oiio
    Library/Aliases/pgrep
    Library/Aliases/pkill
    Library/Aliases/qt4
    Library/Aliases/twolame
    Library/Aliases/wxwidgets
    Library/Contributions/cmds/brew-aspell-dictionaries
    Library/Contributions/cmds/brew-beer.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-dirty.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-graph
    Library/Contributions/cmds/brew-grep
    Library/Contributions/cmds/brew-leaves.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-linkapps.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-ls-taps.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-man
    Library/Contributions/cmds/brew-md5-to-sha1
    Library/Contributions/cmds/brew-mirror-check.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-pull.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-readall.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-server
    Library/Contributions/cmds/brew-services.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-switch.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-test-bot.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-tests.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-unpack.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-which.rb
    Library/Contributions/cmds/git
    Library/Contributions/cmds/svn
    Library/ENV/4.3/apr-1-config
    Library/ENV/4.3/bsdmake
    Library/ENV/4.3/c++
    Library/ENV/4.3/c89
    Library/ENV/4.3/c99
    Library/ENV/4.3/cc
    Library/ENV/4.3/clang
    Library/ENV/4.3/clang++
    Library/ENV/4.3/cpp
    Library/ENV/4.3/g++
    Library/ENV/4.3/gcc
    Library/ENV/4.3/git
    Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-g++-4.2
    Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2
    Library/ENV/4.3/ld
    Library/ENV/4.3/llvm-g++
    Library/ENV/4.3/llvm-g++-4.2
    Library/ENV/4.3/llvm-gcc
    Library/ENV/4.3/llvm-gcc-4.2
    Library/ENV/4.3/make
    Library/ENV/4.3/mig
    Library/ENV/4.3/sed
    Library/ENV/4.3/svn
    Library/ENV/4.3/xcrun
    Library/ENV/libsuperenv.rb
    Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcrypto.pc
    Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcurl.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libcurl.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libexslt.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxml-2.0.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxslt.pc
    Library/Formula/abcl.rb
    Library/Formula/abcmidi.rb
    Library/Formula/aiccu.rb
    Library/Formula/akka.rb
    Library/Formula/alac.rb
    Library/Formula/alure.rb
    Library/Formula/appledoc.rb
    Library/Formula/arangodb.rb
    Library/Formula/argp-standalone.rb
    Library/Formula/argtable.rb
    Library/Formula/autopano-sift-c.rb
    Library/Formula/avian.rb
    Library/Formula/avidemux.rb
    Library/Formula/avro-cpp.rb
    Library/Formula/aws-cloudsearch.rb
    Library/Formula/aws-sns-cli.rb
    Library/Formula/backupninja.rb
    Library/Formula/bact.rb
    Library/Formula/bam.rb
    Library/Formula/basex.rb
    Library/Formula/berkeley-db4.rb
    Library/Formula/bind.rb
    Library/Formula/blazeblogger.rb
    Library/Formula/bochs.rb
    Library/Formula/boost149.rb
    Library/Formula/bsdconv.rb
    Library/Formula/bsdmake.rb
    Library/Formula/buildapp.rb
    Library/Formula/bup.rb
    Library/Formula/byacc.rb
    Library/Formula/cadubi.rb
    Library/Formula/camellia.rb
    Library/Formula/casperjs.rb
    Library/Formula/ccextractor.rb
    Library/Formula/cconv.rb
    Library/Formula/cdo.rb
    Library/Formula/cdpr.rb
    Library/Formula/cgvg.rb
    Library/Formula/checkstyle.rb
    Library/Formula/chordii.rb
    Library/Formula/chruby.rb
    Library/Formula/cifer.rb
    Library/Formula/clhep.rb
    Library/Formula/cntlm.rb
    Library/Formula/cocot.rb
    Library/Formula/cogl.rb
    Library/Formula/collada-dom.rb
    Library/Formula/crash.rb
    Library/Formula/crossroads.rb
    Library/Formula/crosstool-ng.rb
    Library/Formula/css-crush.rb
    Library/Formula/csync.rb
    Library/Formula/ctemplate.rb
    Library/Formula/curlftpfs.rb
    Library/Formula/cutter.rb
    Library/Formula/cvsutils.rb
    Library/Formula/darkstat.rb
    Library/Formula/darner.rb
    Library/Formula/dart.rb
    Library/Formula/dasm.rb
    Library/Formula/debianutils.rb
    Library/Formula/dfc.rb
    Library/Formula/dgtal.rb
    Library/Formula/dhcping.rb
    Library/Formula/di.rb
    Library/Formula/dmtx-utils.rb
    Library/Formula/drip.rb
    Library/Formula/dsniff.rb
    Library/Fo
Aborting
Updating e088818..c1fbc29
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

cd $(brew --prefix)
git reset --hard HEAD
brew update

Você precisa fazer o seguinte:

cd $(brew --prefix)
rm Library/Formula/argp-standalone.rb
rm Library/Formula/cocot.rb

E então faça o

git fetch origin
git reset --hard origin/master
brew update

Basicamente, para explicar um pouco mais:

cd $(brew --prefix)

diz cdpara alterar o diretório para o que for brew --prefixexibido. Se você tentar executar o brew --prefixcomando, verá algo nas linhas de:

brew --prefix
/usr/local

Portanto, o comando nesse caso seria equivalente a cd /usr/local. brewVersões mais recentes têm fórmulas sob seu prefixo de instalação e Library/Formula/, portanto, é aí que você precisa procurar esses arquivos desatualizados / alterados.

Observe que, se você mesmo tiver alterado essas fórmulas por um motivo específico (como fixar uma versão), essa ação os reverterá de volta aos padrões e poderá produzir efeitos indesejados.

A @TedPennings observou nos comentários que isso funcionou para ele, mas sua sequência foi:

1. mostrar tudo para my_username:admin, ou seja,sudo chown -R ted:admin $(brew --prefix)
2. execute os dois comandos git acima git fetch originegit reset --hard origin/master

Isso é causado por um bug antigo no updatecódigo que há muito tempo foi corrigido. No entanto, a natureza do bug exige que você faça o seguinte:

cd $(brew --repository)
git reset --hard FETCH_HEAD

Se brew doctorainda se queixar de modificações não confirmadas, execute também este comando:

cd $(brew --repository)    
git clean -fd

$ cd $(brew --prefix)
$ git clean -fd
$ git reset --hard
$ sudo chown -R `whoami` `brew --prefix`
$ brew update

Nota: as etapas 2 e 3 funcionaram para mim desde que eu fiz as etapas 5 e 4 antes de receber o erro. A atualização de distribuição antes de alterar o proprietário da pasta causou todo o problema.

Eu tive um problema semelhante em que minha biblioteca de pacotes de cervejas foi baixada como usuário root e, em seguida, não pude executar a atualização de cervejas, pois o git se queixava de não conseguir mesclar o arquivo.

A solução foi fazer: -

sudo chown -R <user> /usr/local/Library

A redefinição do repositório de distribuição deve ser a maneira mais eficiente, se você não se importa em descartar possíveis modificações nas fórmulas que podem ter sido aplicadas:

$ cd `brew --prefix`
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew cleanup --force
$ brew update

Consegui consertar isso na minha máquina adicionando permissão de gravação (e setgid bit) do grupo de administração nestes caminhos:

sudo chmod -R g+ws /usr/local /Library/Caches/Homebrew

O s define a identificação do grupo na execução, para que as permissões de gravação não sejam perdidas na próxima vez que um usuário administrador diferente atualizar ou atualizar o Homebrew.

Esta resposta é um tanto incompleta porque, quando tento fazer, brew cleanup --forcehá um problema de permissões quando o Homebrew tenta remover o conteúdo em / usr / local / Cellar /. (Infelizmente não estou conseguindo investigar isso mais no momento.)

Outra opção é apenas usar git stash.

O comando brew update executa a git pull, portanto, se houver algum arquivo alterado (ou mesmo um atributo de arquivo, que aconteceu comigo quando eu mudei as permissões no diretório recursivamente), é necessário corrigir os conflitos. Usar git stashé uma maneira; leva todas as alterações e as coloca de lado para que você efetivamente reverta para a última versão de repo atualizada. O 'local' do Homebrew é por padrão /usr/locale é instalado como um repositório git. Você pode procurar uma .gitpasta para ver por si mesmo. Estou escrevendo um script de desinstalação do homebrew para ser postado no meu perfil do GitHub em breve com mais informações.

sudo chown -R USER /usr/local/bin

nota - para USUÁRIO, use o comando quem, por exemplo, seu nome de usuário

sudo brew doctor

Essa abordagem pode ser mais simples do que algumas. Envolve:

• corrigindo um problema do git para que você possa delegar novamente o gerenciamento de alterações.
• nenhuma movimentação manual de arquivos ou diretórios.
• sem ajustes manuais de permissões de arquivo ou diretório.

Passos (com notas para quem quer explicações):

cd $(brew --repository)                              // see Note 1 below
git remote add brew https://github.com/Homebrew/brew // see Note 2 below
git pull brew master                                 // promising fast-forward report!
brew update                                          // see Note 3 below 

Visão geral:
Pelo que sei, a causa real desse problema é uma alteração no URL do repositório. É agora brewe foi brew.git. (URL completo e atualizado: https://github.com/Homebrew/brew )

Nota 1: Este primeiro comando leva você de qualquer lugar da estrutura de arquivos ao diretório correto. A estrutura de diretórios é diferente para mim do que os outros mostram acima (Mac OS 10.11.16), mas com este comando, essas diferenças não devem importar.

Nota 2: este segundo comando adiciona o URL remoto correto a um novo alias; Fiz isso apenas no caso de essa abordagem não alcançar o que eu queria e precisar do endereço anterior novamente. Como o novo controle remoto funcionou, convidarei alguém para comentar sobre como alterar o URL com alias por origem. Felizmente, atualizarei a resposta para refletir o que funcionou para você.

Nota 3: Este quarto comando tem exatamente o resultado desejado: ele relata um grande número de atualizações, incluindo o relatório particularmente agradável de "==> Migrado HOMEBREW_REPOSITORY para / usr / local / Homebrew!" (ênfase deles).

Este post me ajudou depois de atualizar para o El Capitan. No meu caso, chownnão estava funcionando ("zsh: comando não encontrado: chown"), portanto, a etapa 1 foi adicionar esta linha ao meu .zshrc:

export PATH="$PATH:/usr/sbin"

Eu já havia tentado várias das respostas mais populares acima, por isso tenho certeza de que tudo git statusestava limpo quando colei o comando crítico da postagem do blog:

sudo chown $(whoami):admin /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local

Isso deve funcionar.

1. cd `brew --prefix`
2. git fetch origin
3. git reset --hard origin/master
4. sudo brew update