Finalmente terminei usando o seguinte:
bower install --save http://twitter.github.com/bootstrap/assets/bootstrap.zip
Parece-me mais limpo, pois não clona o repositório inteiro, apenas descompacta os testes necessários.
A desvantagem disso é que ele quebra a filosofia do caramanchão, pois o a bower update
não atualizará o bootstrap.
Mas acho que ainda é mais limpo do que usar bower install bootstrap
e criar a inicialização no seu fluxo de trabalho.
É uma questão de escolha, eu acho.
Atualização: parece que agora eles versão uma pasta dist (consulte: https://github.com/twbs/bootstrap/pull/6342 ), então basta usar bower install bootstrap
e apontar para os ativos na dist
pasta