Embora seja possível que algo tenha sido excluído, minha experiência mostra que algo fica bagunçado no arquivo do projeto. Ainda não consegui definir o que é esse "algo". Tive problemas semelhantes quando a instalação do SDK estava normal. Há um par de opções.
Primeiro, adicione todos os seus arquivos a um novo projeto. Isso geralmente parece funcionar. Mas é meio chato.
Em segundo lugar, você pode clicar com o botão direito do mouse no projeto em XCode / Get Info / Build / Library Search Paths. Adicione novos caminhos semelhantes a /Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator3.1.sdk/usr/lib. Adicione as versões apropriadas dessa string para cada versão (2.2.1, etc) e plataforma (simulador ou iPhoneOS). Execute uma ação semelhante para Caminhos de pesquisa de estrutura se as estruturas forem o seu problema.
Terceiro, o que é mais trabalhoso, porém mais confiável, é abrir project.pbxproj de dentro de MyProject.xcodeproj (o Textmate é bom para isso). Procure por "/ * Begin XCBuildConfiguration section * /", depois "LIBRARY_SEARCH_PATHS" e "FRAMEWORK_SEARCH_PATHS". Adicione ou modifique os caminhos conforme apropriado e salve o arquivo.
Em qualquer caso, um pé no saco, e com certeza gostaria de apontar a causa, porque isso já aconteceu algumas vezes. O projeto constrói bem, então simplesmente levanta e se recusa a fazê-lo com o que parece ser um pequeno motivo.