No vim, você pode executar comandos do shell. Então, neste caso, eu uso:
:!touch somefile.txt
e pressione rpara recarregar a janela nerdtree.
A outra coisa a fazer é apenas iniciar o novo arquivo a partir do vim.
:e somefile.txt
Uma coisa útil para isso é que, no meu arquivo .vimrc, altero automaticamente o cwd para o diretório em que meu arquivo atual está:
" Auto change the directory to the current file I'm working on
autocmd BufEnter * lcd %:p:h
Dessa forma, se eu estiver editando um arquivo e quiser outro no mesmo local, o caminho será alterado ali. Abrir qualquer arquivo do NERDTree define o diretório para aquele em que o arquivo está.