Estou executando o kepler no ubuntu e tive o mesmo problema ao obter o eclipse para reconhecer o servidor tomcat7. Meu caminho para instalar o diretório estava bom e excluir / renomear os arquivos também não foi corrigido.
Isto é o que funcionou para mim:
execute o seguinte no terminal:
cd ~/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/
rm org.eclipse.jst.server.tomcat.core.prefs
rm org.eclipse.wst.server.core.prefs
cd /usr/share/tomcat7
sudo service tomcat7 stop
sudo update-rc.d tomcat7 disable
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/conf conf
sudo ln -s /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy conf/catalina.policy
sudo ln -s /var/log/tomcat7 log
sudo chmod -R 777 /usr/share/tomcat7/conf
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/common common
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/server server
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/shared shared
reinicie o eclipse, exclua o servidor tomcat7. Adicione novamente o servidor e tudo funcionou.
Aqui está o link que eu usei.
http://linux.mjnet.eu/post/1319/tomcat-7-ubuntu-13-04-and-eclipse-kepler-problem-to-run/