No Linux, minha ferramenta de mesclagem favorita é o Meld, e não tive problemas em usá-la ou configurá-la para funcionar com o Git. No entanto, no Windows, a história é diferente.
Primeiro, instalei o Meld de um pacote que encontrei aqui: https://code.google.com/p/meld-installer/
Então, eu configurei meu .gitconfig assim para suportar Meld como o mergetool padrão
[merge]
tool = meld
[mergetool "meld"]
path = C:\\Program Files (x86)\\Meld\\meld\\meld.exe
keepBackup = false
trustExitCode = false
Então, quando eu tenho um conflito, git difftool e Meld de fato abre. No entanto, os caminhos para os arquivos que o Git grava para passar para a ferramenta diff estão incorretos. Por exemplo, embora o Git gere os arquivos BASE, LOCAL e REMOTE no diretório do repositório (o local de onde chamei git mergetool), o Meld tenta abrir cada um desses arquivos no diretório do executável.
Em vez de abrir C: \ repo \ roses.txt.LOCAL.2760.txt, o Meld tenta abrir C: \ Arquivos de programas (x86) \ Meld \ meld \ roses.txt.LOCAL.2760.txt.
Alguém já se deparou com isso antes ou sabe como configurar o Git / Meld para funcionar corretamente no Windows?