Tenho sofrido da mesma coisa há muito tempo. Acontece especialmente quando você está conectado a um servidor remoto (que pode ser lento) ou você tem uma conexão de rede ruim. Duvido que a Microsoft saiba qual é a resposta certa.
Mas já tentei encontrar a solução. Apenas 1 abordagem leiga funcionou
- Clique no botão Fechar sobre a guia de consulta que você está enfrentando. Depois de um tempo (se a Microsoft não for severa com você !!!), você poderá ver uma janela perguntando isso
"A consulta está em execução no momento. Quer cancelar a consulta?"
E poste isso, pode ser que seu estúdio esteja estável novamente para executar sua consulta.
O que ele faz em segundo plano é desconectar sua janela de consulta da conexão. Portanto, para executar a consulta novamente, levará algum tempo para conectar o servidor remoto novamente. Mas acredite em mim, essa troca é muito melhor do que o sofrimento de ver aquele cronômetro que funciona para a eternidade.
PS: Isso funciona para mim, Kudos se funciona para você também. !!!