Por algum motivo, quando você faz o upload de um novo APK sem clicar imediatamente em "publicar" (você provavelmente clicou em salvar rascunho pela primeira vez), o Google acha que deseja publicar AMBOS os apk ao mesmo tempo .
Geralmente, isso é necessário quando você tem vários APKs para configurações diferentes (por exemplo: uma versão para o Android 2.x e outra para 3+ ou uma versão para tablet e outra para aparelho etc ...)
No entanto, no seu caso, você está apenas enviando uma atualização e deseja que ela substitua o APK anterior.
Para resolver :
- Clique no botão Alternar para o modo avançado no canto superior direito.
- Clique em Ação -> Mover no APK ANTIGO e escolha " Desativar "
- O erro deve desaparecer e você deve ver o seu apk ANTIGO em "OUTROS APKS" e o novo pronto para ser publicado.
- Basta clicar em Publicar para efetivar sua alteração e aguardar a propagação.
O aviso do Google é enganoso. Espero que isso esclareça.