Diferença entre configurações de compilação e tempo de execução no Gradle

Minha dúvida é um pouco comum, mas está ligada ao Gradle também.

Por que precisamos compilar e configurar o tempo de execução?

Quando eu compilo algo, preciso de artefatos para converter minhas classes java em bytecode, então preciso compilar a configuração, mas por que é necessária a configuração de tempo de execução? Preciso de outra coisa para executar meu aplicativo na JVM?

Desculpe se parece estúpido, mas eu não entendo.

No caso mais comum, os artefatos necessários em tempo de compilação são um subconjunto daqueles necessários em tempo de execução. Por exemplo, digamos que um programa chamado appuse library fooe library foo internamente use library bar. Então, apenas fooé necessário compilar app, mas ambos fooe barsão necessários para executá-lo. É por isso que, por padrão, tudo o que você coloca na compileconfiguração do Gradle também fica visível em sua runtimeconfiguração, mas o contrário não é verdade.