Eu tenho procurado responder a essa pergunta exata e, a partir de minha pesquisa, a resposta do DiryBoy parece ser precisa.
Eu encontrei o programa compact.exe compacta arquivos, mas não para criar um arquivo altamente compactado (ou conjunto de arquivos). É semelhante à opção que você obtém ao clicar com o botão direito do mouse em uma letra de unidade ou partição no Windows. Você tem a opção de limpar (remover arquivos temporários, etc.), bem como compactar arquivos. Os arquivos compactados ainda estão acessíveis, mas são compactados apenas para criar espaço em uma unidade com pouco espaço.
Eu também encontrei o compress.exe que eu tinha no meu computador. Não é nativo na maioria das máquinas Windows e faz parte do kit de recursos de 2003. Ele cria um tipo de arquivo compactado, mas é realmente mais semelhante aos arquivos de um disco de instalação do Windows (tem o sublinhado como o último caractere da extensão ou nome do arquivo). E o comando extract.exe extrai esses arquivos.
No entanto, o mantra é que, se puder ser feito de forma nativa por meio da GUI, provavelmente haverá uma maneira de fazê-lo por lote, .vbs ou algum outro tipo de script na linha de comando. Como o Windows teve a opção 'enviar para' para criar um arquivo zip, eu sabia que tinha que haver uma maneira de fazê-lo via linha de comando e encontrei algumas opções.
Aqui está um ótimo link que mostra como compactar um arquivo usando comandos nativos do Windows.
/superuser/110991/can-you-zip-a-file-from-the-command-prompt-using-only-windows-built-in-capabili
Testei-o com um diretório contendo vários arquivos e pastas aninhados e funcionou perfeitamente. Basta seguir o formato da linha de comando.
Existe também uma maneira de descompactar os arquivos via linha de comando, que eu também encontrei. Uma maneira, apenas abre uma janela do Explorer mostrando qual é o conteúdo do arquivo compactado. Alguns deles também usam Java, que não é necessariamente nativo do Windows, mas é tão comum que quase parece.
/superuser/149489/does-windows-7-have-unzip-at-the-command-line-installed-by-default
Como descompactar um arquivo usando a linha de comando?