git stashe então git stash apply( git stash && git stash apply) armazenará arquivos ocultos e os aplicará imediatamente após o mesmo. Afinal, você terá suas alterações no esconderijo e no diretório de trabalho.
Você pode criar um alias se desejar em uma única peça. Basta colocar algo assim para ~/.gitconfig:
[alias]
sta = "!git stash && git stash apply"
A desvantagem dessa abordagem é que todos os arquivos são ocultados e recriados. Isso significa que os carimbos de data e hora nos arquivos em questão serão alterados. (Fazer com que o Emacs se queixe quando tento salvar o arquivo, se o abri-lo antes de o fazer git sta, e pode causar reconstruções desnecessárias se você estiver usando makeou amigos.)