Eu procurei muito, mas todas são respostas adivinhadas. Ajude-me a encontrar a resposta exata.
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Respostas:
Um MSI é um banco de dados do Windows Installer. O Windows Installer (um serviço instalado com o Windows) usa isso para instalar o software no seu sistema (por exemplo, copiar arquivos, definir valores do registro, etc ...).
Um setup.exe pode ser um bootstrapper ou um instalador não-msi. Um instalador não-msi extrairá os recursos de instalação de si mesmo e gerenciará sua instalação diretamente. Um bootstrapper conterá um MSI em vez de arquivos individuais. Nesse caso, o setup.exe chamará o Windows Installer para instalar o MSI.
Alguns motivos pelos quais você pode querer usar um setup.exe :
MSI é um arquivo de instalação que instala seu programa no sistema em execução.
O Setup.exe é um aplicativo (arquivo executável) que possui arquivos (s) msi como um dos recursos. A execução do Setup.exe, por sua vez, executará o msi (o instalador) que grava seu aplicativo no sistema.
Editar (conforme sugerido no comentário): os arquivos executáveis da instalação não têm necessariamente um recurso MSI internamente
O MSI é basicamente um instalador da Microsoft incorporado ao Windows. Ele associa componentes a recursos e contém informações de controle de instalação. Não é necessário que este arquivo contenha arquivos reais requeridos pelo usuário, ou seja, os programas aplicativos que o usuário espera. O MSI pode conter outro setup.exe dentro dele, que o MSI envolve, que realmente contém os arquivos necessários ao usuário.
Espero que isso esclareça suas dúvidas.
MSI
arquivos geralmente NÃO envolvem os setup.exe
arquivos, mas vice-versa.