Uma possível razão para isso é que, se uma ramificação remota (por exemplo origin/myBranch) ainda existir, git checkout myBranchserá bem-sucedida como alternativa a git checkout -b myBranch origin/myBranch. Isso é pretendido como uma conveniência para o caso comum de check-out de uma filial remota pela primeira vez, criando uma filial de rastreamento local com nome idêntico.
Existem outras possibilidades também, dependendo do que exatamente você está usando para a conclusão, mas essa é uma das primeiras coisas que eu verificaria. Se você executar git branch -ae houver um origin/myBranchlistado (ou um para um controle remoto diferente de origin, se tiver), é provável que seja o culpado.
git branch -aainda lista quermyBranchouorigin/myBranch? Observe que, mesmo semyBranchnão existir,git checkout myBranchainda é um atalho válido paragit checkout -b myBranch origin/myBranchseorigin/myBranchexistir.