Execute o script R na linha de comando

Eu tenho um arquivo chamado a.r, ele tem um chmodde 755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Como posso executar isso via linha de comando?

Se você deseja que a saída seja impressa no terminal, é melhor usar o Rscript

Rscript a.R

Observe que ao usá- R CMD BATCH a.Rlo em vez de redirecionar a saída para a saída padrão e exibir no terminal, um novo arquivo chamado a.Rout será criado.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Outra coisa a ser observada sobre o uso do Rscript é que ele não carrega o methodspacote por padrão, o que pode causar confusão. Portanto, se você confiar em algo que os métodos fornecem, você precisará carregá-lo explicitamente em seu script.

Se você realmente deseja usar a ./a.Rmaneira de chamar o script, adicione um apropriado #!à parte superior do script

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Também observarei que, se você estiver executando em um sistema * unix, existe o pacote littler útil , que fornece canalização fácil da linha de comando para R. Pode ser necessário usar o littler para executar aplicativos brilhantes por meio de um script? Mais detalhes podem ser encontrados nesta pergunta .

Isso não responde diretamente à pergunta. Mas alguém pode acabar aqui porque quer executar um oneliner R no terminal. Por exemplo, se você deseja instalar apenas alguns pacotes ausentes e sair, este oneliner pode ser muito conveniente. Uso muito quando de repente descubro que sinto falta de alguns pacotes e quero instalá-los onde quiser.

• Para instalar no local padrão:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Para instalar em um local que requer rootprivilégios:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Mais uma maneira de executar um script R a partir da linha de comando seria:

R < scriptName.R --no-save  

ou com --save.

Consulte também Qual é a melhor maneira de usar scripts R na linha de comando (terminal)? .

Você precisa do ?Rscriptcomando para executar um script R no terminal.

Confira http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Exemplo

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Como executar o Rmd no comando com knitr e rmarkdown por vários comandos e, em seguida, carregar um arquivo HTML nos RPubs

Aqui está um exemplo: carregue duas bibliotecas e execute um comando R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Outra maneira de usar o Rscript para sistemas * Unix é a Substituição de Processo .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

O que obviamente faz o mesmo que a resposta aceita, mas isso permite que você manipule e execute seu arquivo sem economizar o poder da linha de comando, por exemplo:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Semelhante a Rscript -e "Rcode"ele também permite executar sem salvar em um arquivo. Portanto, poderia ser usado em conjunto com scripts que geram código R, por exemplo:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Apenas para documentação, às vezes você precisa executar o script como sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R