O SDK base é contra o qual você constrói seu aplicativo (ou seja, inclui arquivos e estruturas de biblioteca e estruturas). Como você diz, isso não afeta o destino da implantação, exceto o sdk base> = destino da implantação.
Você especifica as configurações de compilação em 2 níveis, pois cada projeto pode ter vários destinos e pode não querer as mesmas configurações para todos os destinos. As configurações no nível do projeto substituem as configurações padrão e as configurações no nível de destino substituem as configurações no nível do projeto.
Por exemplo, tenho projetos com destinos OSX e iOS e alguns são ARC e outros são MRR. Eu precisaria ter projetos diferentes para cada um se não conseguisse especificar as configurações de compilação com o nível de granularidade que o Xcode permite.