A cor de plano de fundo das visualizações (navegador, console, tarefas etc.) é definida de acordo com as configurações da área de trabalho (sistema). No Linux / GNome, alterei System / Preferences / Appeareance para alterar essa cor.
As cores do editor são definidas caoticamente por diferentes editores; procure o plano de fundo nas preferências do eclipse para encontrar opções diferentes. Uma maneira fácil de obter lindos temas escuros (e não apenas escuros) é instalar o plugin Afae e, em seguida, escolher o tema dentro de suas preferências (o tema crepúsculo é bonito, por exemplo) - novamente, prefs de eclipse, grupo Afae. Claro que isso se aplica somente quando você edita com o Afae.